烏魯木齊、昌吉和兵團十二師在自治區黨委、自治區人民政府的決策部署下，于2012年6月成立了頭屯河沿岸綜合整治領(lǐng)導小組，建立了兩岸三地及自治區相關(guān)廳局共同參與的協(xié)調機制，力爭3至4年內完成綜合整治工作。頭屯河沿岸綜合整治是自治區黨委、自治區人民政府實(shí)現環(huán)保優(yōu)先、生態(tài)立區的一項重點(diǎn)工程，對加強區域生態(tài)環(huán)境保護和建設，提高新型城鎮化水平，推動(dòng)區域經(jīng)濟社會(huì )可持續發(fā)展意義重大。

由自治區環(huán)保廳負責組織、新疆環(huán)科院承擔編制的《頭屯河流域生態(tài)恢復與環(huán)境整治規劃》，旨在全流域開(kāi)展生態(tài)恢復和環(huán)境整治，從全流域、從生態(tài)修復到污染控制全過(guò)程對頭屯河流域進(jìn)行系統的綜合整治，是實(shí)現流域生態(tài)環(huán)境質(zhì)量好轉的重要手段，也是頭屯河沿岸綜合整治的重要組成部分。

《規劃》以“環(huán)保優(yōu)先、生態(tài)立區”為宗旨，以生態(tài)文明建設為指導，堅持“資源開(kāi)發(fā)可持續、生態(tài)環(huán)境可持續”，按照實(shí)現區域統籌和可持續發(fā)展的新理念、新措施、新要求，從生態(tài)修復到污染控制全過(guò)程對頭屯河流域進(jìn)行系統的綜合整治，把頭屯河沿岸打造成為群眾受益的重大民生工程。

《規劃》強調分段治理，分區保護。根據自然環(huán)境特征、人類(lèi)開(kāi)發(fā)利用的影響方式以及存在的環(huán)境問(wèn)題的不同等，把流域重點(diǎn)分為工業(yè)集中區污染治理、資源開(kāi)發(fā)區生態(tài)恢復、城區河岸帶環(huán)境治理、農村環(huán)境綜合整治、水土流失防治等幾個(gè)重點(diǎn)治理區域，分析其存在的主要生態(tài)環(huán)境問(wèn)題，明確治理目標，提出治理對策及治理工程；同時(shí)根據生態(tài)環(huán)境功能及社會(huì )經(jīng)濟活動(dòng)特征，把整個(gè)流域劃分為飲用水源保護區、水源涵養區、水土保持區、聚居發(fā)展維護區、農產(chǎn)品環(huán)境安全保障區、防風(fēng)固沙區等生態(tài)與環(huán)境管理分區，確定分區保護目標及環(huán)境管理措施，對流域的生態(tài)環(huán)境問(wèn)題既做到重點(diǎn)治理，又做到全流域覆蓋。